当然，南飞时的梅贻琦尚未意识到国民党会如此迅速地崩溃并丢失整个大陆，他认为中国很可能会出现历史上的南北朝局面，而江南政权便是他心目中的“故国”，江北则是一个与他不相干的新政权，其心理与陈寅恪基本相同。按照陈寅恪南飞前的估计，抗战后中国政局的走向，国共之争不可避免，其结果将使中国形成一个南北二分的局面。因而在1946年春，陈寅恪有《南朝》《北朝》诗问世，是谓把南北朝比拟国共两个政权。陈寅恪次女陈小彭曾对人说过：因为陈氏以为国、共可能如南北朝般以长江为界，后来才在去留问题上迟疑未决。[25]当然，这个“去”是由上海或广州去台湾，而不是由北平去南京。
就当时的局势而言，与陈寅恪、梅贻琦持相同观点者大有人在。时在国共争战中悄然崛起且欲与国共两党一较高下的第三党领袖章伯钧曾公开放言：“……起初认为共产党只能活动在黄河流域，后来的结论是：‘谁也消灭不了谁，谁也不能战胜谁。’至多是个‘南北朝’，是个相持的局面。即长江以北是共产党、江南是蒋介石及其他。在这相持的局面下，第三方面大有可为，在政治上举足轻重。”[26]淮海战役一役，国民党军溃败，继之北平已失，国共进行貌合神离的“和谈”，已赴任台湾大学校长的傅斯年致李宗仁的信中仍坚持：“……大江以南之局势，如不投降，尚有团结之望。……只要合法之政权不断气，无论天涯海角，支持到一年以上，将来未必绝无希望也。”这封信除了反映出傅斯年骨子里永不服输和硬撑、霸道的性格，还明白无误地昭示他心中对南北朝局面形成的希望和尊奉国民党为“正朔”的心理。
事实上，对国共两党形成南北朝局面的预测，并不是一般的官僚政客和自由知识分子的虚妄幻想，据苏联解体后俄罗斯公布的档案资料显示，当时斯大林也有意图让中共与国民党政权划江而治，如“两个德国”或“两个朝鲜”之例，形成“两个中国”，也即南北朝局面。[27]而“文革”时，有人怀疑陈序经1948年任岭南大学校长一职，是当时美国大使司徒雷登授意，目的是破坏中国统一，制造“南北朝”局面。[28]尽管这一怀疑迄今未得到证实，但美苏两个帝国主义大鳄插手国共之争，并打着渔翁得利的如意算盘是肯定的，苏俄帝国主义的滔天罪恶后来与中共反目成仇时得到了揭露，美帝国主义的罪行在1949年8月18日毛泽东那著名的光辉篇章《别了，司徒雷登》中已说得很清楚：“人民解放军横渡长江，南京的美国殖民政府如鸟兽散。司徒雷登大使老爷却坐着不动，睁起眼睛看着，希望开设新店，捞一把。”遗憾的是，中共采取了背着手撒尿—不理胯下那个小东西的战略战术，司徒雷登新店没能开成，只好强撑起焉儿叽地的小头“挟起皮包走路”。[29]
梅贻琦飞抵南京时，司徒雷登还很神气地挺着脖子对国共双方指手画脚，整个长江以南与西部地区还控制在国民党手中，一个新的“南北朝”轮廓在枪炮硝烟中若隐若现地飘浮于大江两岸。梅贻琦此刻从容南下，除了像陈寅恪一样为了“避秦”，还有一个重要目的，即像抗战初期胡适出使美国为了把日本拖入太平洋战争一样，是为一件“大事因缘”而来—揽住清华在美国的基金。只要基金牢牢掌控在自己手中，便可以此作筹码报效“故国”，而梅氏作为清华校长和“故臣”的名分便得以延续。假如国民党“和谈”成功保住半壁江山，陈寅恪对浦江清说的“清华在南方还是要慢慢设立”的预想，以及梅在南飞前亲口对叶企孙所说到福建或广州等地另建清华的计划便可以实现。只是国民党本身太不争气，兵败如山倒，转瞬间樯橹灰飞烟灭，梅贻琦在福建重建清华的梦想成为泡影，不得不另谋他途。事实上，后来在台湾新竹建立的清华大学，就是这一构想的延续。